Lisävarusteinen VarioFlex-takaistuinjärjestelmä tekee Karoqista erittäin monikäyttöisen. Takaistuimet saa nopeasti mukautettua tarpeen mukaisiksi. Selkänojien kaltevuutta voi säätää, ja ulompia takaistuimia voi siirtää eteen- sekä taaksepäin. Lisäksi selkänojat ja istuinosat voidaan taittaa eteen, ja myös kukin istuin on irrotettavissa autosta kokonaan. Kun keskimmäisen takaistuimen selkänoja taitetaan eteen, selkänoja toimii kyynärnojana, jossa on mukiteline ja tablettiteline. Keskimmäisen takaistuimen voi myös irrottaa autosta, jolloin kahta ulompaa takaistuinta voi siirtää auton keskilinjan suuntaan antamaan enemmän sivuttaista väljyyttä.