Monien muiden Škoda-automallien tapaan myös Enyaq Coupéssa on ajoasetuksen valinta. Ajoasetusvaihtoehtoja on viisi tai kuusi auton varustelun mukaan. Takavetoisessa mallissa ajoasetusvaihtoehdot ovat Eco, Comfort, Normal, Sport ja Individual. Nelivetoisen mallin yhteydessä on myös Traction-ajoasetus. Ajoasetuksen valinnalla vaikutetaan paitsi ajopolkimen reagointiluonteeseen, myös moottorilta käytettävissä olevaan vääntöön, auton huippunopeuteen, ohjaustehostimen toimintaan ja ilmastoinnin tehokkuuteen.

Jos autoon valitaan lisäksi mukautuva alustan säätöjärjestelmä (DCC), valittu ajoasetus vaikuttaa myös alustan toiminnan asetuksiin. DCC valvoo jatkuvasti ajotilannetta ja reagoi muuttuviin ajotilanteisiin säätämällä iskunvaimennuksen toimintaa pyöräkohtaisesti.

Enyaq Coupé -malleissa on lämpöpumppu. Sen käyttö pienentää akun kuormitusta ja pidentää auton toimintamatkaa esimerkiksi kovilla talvipakkasilla. Lämpöpumppua voidaan käyttää sekä sisätilan lämmittämisen että jäähdyttämisen tukena. Järjestelmä hyödyntää myös ajoakusta ja tietyistä korkeajänniteosista peräisin olevaa hukkalämpöä sisätilan lämmittämiseen.

Enyaq Coupéssa on runsain mitoin aktiivisen ja passiivisen turvallisuuden varusteita ja ominaisuuksia, jotka takaavat auton kaikkien matkustajien ja muiden tielläliikkujien optimaalisen turvallisuuden. Aktiivisen turvallisuuden varusteiden ja järjestelmien tarkoituksena on ehkäistä vaaratilanteita ja välttää onnettomuuksia. Passiivisen turvallisuuden piiriin kuuluvat auton rakenteelliset ominaisuudet ja turvavarusteet, joiden tarkoituksena on minimoida tai lieventää onnettomuudesta auton matkustajille ja muille onnettomuudessa osallisina oleville henkilöille aiheutuvia seurauksia.